Pertama kali Anda memasuki Museum Affandi, Anda akan disambut oleh Galeri I. Pintu masuk yang cukup unik dan menarik ini sengaja didesain untuk dapat memberikan kesan istimewa bagi pengunjung. Galeri ini berisi berbagai macam lukisan Affandi. Anda juga dapat melihat mobil unik milik Affandi -- karena mirip dengan bentuk ikan-- yang sangat ia sukai dipajang disana. Juga terdapat sepeda yang dahulu sering digunakan oleh Affandi. Galeri ini cukup luas dan menawarkan koleksi-koleksi Affandi yang sangat artistik.

Berlokasi hanya beberapa meter dari Galeri I, Galeri II ini menawarkan ciri khas yang berbeda pula. Galeri ini dibangun dengan bantuan dari pemerintah Indonesia dan dibuka pada tahun 1987.Galeri ini digunakan sebagai tempat pameran beberapa koleksi lukisan museum dari beberapa pelukis terkenal. Anda dapat menikmati berbagai lukisan karya berbagai pelukis terkenal dari sudut pandang yang berbeda-beda. Galeri ini dibangun setinggi 2 lantai. Lantai bawah banyak berisi lukisan-lukisan yang bersifat abstrak, sedangkan lantai 2 didominasi oleh lukisan bercorak realistis tetapi tegas.

Galeri ini didirikan oleh Yayasan Affandi pada tahun 1999 dan diresmikan oleh Sri Sultan Hamengkubuwono pada tahun 2000. Tampak bahwa galeri ini adalah galeri yang paling muda usianya. Galeri ini didirikan untuk memenuhi keinginan Affandi agar memiliki tempat yang cukup untuk koleksi lukisan miliknya. Galeri yang memiliki tiga lantai ini memiliki ide dasar yang sama, yaitu berbentuk kurva melingkar dengan atap berbentuk daun pisang.